Рукописи оформлюються відповідно до вимог, що висуваються редакційною колегією цього наукового видання. Рукописи розглядаються на відповідність вимогам головним редактором та членами редколегії і можуть бути повернені на дооформлення або відхилені через суттєву невідповідність редакційній політиці, етичним засадам цього наукового видання, вимогам до рукописів. Повідомлення про отримання, повернення, відхилення рукописів надсилаються авторам через створений ними кабінет на сайті видання або електронною поштою.

Науковий вісник Ужгородського університету. Серія: «Математика і інформатика» практикує Одностороннє сліпе рецензування: рецензенти знають імена авторів, але автори не знають, хто рецензує їхню роботу. Цей традиційний підхід забезпечує незалежність оцінки без тиску автора. Рецензент зберігає анонімність, що гарантує об'єктивність.

Головний редактор визначає наукову цінність роботи та призначає щонайменше двох рецензентів – незалежних фахівців, які мають найбільш близьку до тематики роботи наукову спеціалізацію.  Рецензенти готують рецензію, використовуючи спеціальний бланк (форму). Термін рецензування – до чотирьох тижнів. Залежно від ситуації і на прохання рецензента термін рецензування може бути продовжений. Ця система гарантує, що кожна публікація оцінюється виключно на основі її наукової цінності, якості дослідження та відповідності профілю цього наукового видання. Всім рецензентам рекомендовано ознайомитися та дотримуватися Етичних рекомендацій для рецензентів від COPE.

Основні критерії відбору статті до публікації: актуальність теми дослідження; самостійність його характеру, високий теоретичний рівень; достовірний, оригінальний та науково обґрунтований виклад результатів дослідження; висока методологічна та мовна культура; відповідність тексту рукопису редакційній політиці та етичним засадам цього наукового видання; дотримання вимог до рукописів.

Рецензенти після розгляду матеріалів можуть винести одне з таких рішень:

• опублікувати у авторській редакції;
• опублікувати з незначними змінами, внесеними редакційною колегією (за погодженням з авторами);
• повернути рукопис автору (якщо стаття потребує доопрацювання; автор може подати перероблений рукопис наукової статті повторно);
• відмовити у публікації (якщо рукопис не відповідає редакційній політиці, етичним засадам журналу, вимогам до рукописів тощо).

Головний редактор розглядає пропозиції рецензентів і приймає відповідне рішення: направити статтю до друку або повернути авторові з пропозицією врахувати рекомендації рецензента і доопрацювати її. Отриману доопрацьовану автором роботу рецензують повторно.

Листування між рецензентом і автором здійснюється через редакцію. 

Для головного редактора висновок рецензента не є остаточним. Якщо думки рецензентів не співпадають, головний редактор направляє роботу на додаткове рецензування третьому рецензенту.

Коли автор не згоден з рецензією, він може направити до редакції мотивовану відповідь і тоді редакційна колегія ухвалює рішення щодо доцільності направлення на повторне рецензування іншому складові рецензентів. У конфліктних або нестандартних ситуаціях відповідне рішення приймає редакційна колегія.

У разі позитивної рецензії стаття проходить наступні етапи: стилістичне і орфографічне редагування, технічне редагування і оформлення в макет. Остаточне рішення щодо публікації рукопису приймається на основі висновків рецензентів та затверджується членами редакційної колегії, які не мають конфлікту інтересів стосовно даної статті. Редакція зберігає право на редагування та скорочення рукописів зі збереженням основного змісту дослідження. Публікація рукопису від моменту його подання до моменту оприлюднення займає в середньому 8 тижнів. 

Вчена рада засновника затверджує кожен номер цього видання на чергових засіданнях.